Nachdem am 24. September 1675 die Einweihung der Lutherkirche gefeiert wurde, erfolgte der erste Orgelbau erst 1714. Arp Schnitger aus Hamburg fertigte die Orgel. Das Instrument besaß 18 Register auf Hauptwerk und Brustwerk und hatte ein angehängtes Pedal. Der Prinzipal war aus Zinn. Die Orgel entstand, nachdem 1710 die Schnitger-Orgel in Weener gebaut worden war. 1734 wurde ein stummes Rückpositiv angeschafft, was die Reformierten wegen der hohen Kosten als „sehr anstößig“ bezeichneten.
Um 1790 gab es Gespräche mit Johann Friedrich Wenthin aus Emden. Die mit ihm diskutierten Umbaupläne wurden aus bisher unbekannten Gründen aber wieder verworfen. Vermutlich waren stilistische Gründe ausschlaggebend: Zum Ausgang des 18. Jahrhunderts liebte man neben der Barockmusik besonders auch die galante Musik, wofür ein Bordun 16‘ sowie Gamben und Traversflöten wünschenswert gewesen wären. Über diese Stimmen verfügte die Schnitger-Orgel aber nicht.
1795 erfolgte der zweite Orgelneubau durch Hinrich Justus Müller aus Wittmund. Das Orgelgehäuse stellte der Tischlermeister Budde aus Leer her, das Laub- und Schnitzwerk stammt von Schnitzer Diederich Koch aus Weener. Die von ihm geschaffene Rokoko-Fassade ist bis heute erhalten geblieben und steht selbstverständlich unter Denkmalschutz. Die zinnernen Prospektpfeifen mussten 1917 an die Heeresverwaltung abgegeben werden.
Nach der Renovierung der Lutherkirche im Jahre 1910 wurde 1911 der dritte Orgelneubau unter Verwendung des barocken Orgelprospekts von der Firma Furtwängler & Hammer verwirklicht.
1964/66 wurde der vierte Orgelneubau hinter der „alten Fassade“ durch den Orgelbaumeister Alfred Führer aus Wilhelmshaven verwirklicht. Seit November 1993 wurden die Stimmen lauter, die eine Verbesserung der Orgel in der Lutherkirche wollten. 1996 votierte der Orgelsachverständige der Landeskirche gegen eine Restaurierung und für einen kompletten Neubau. 1998 fasste der Kirchenvorstand den Entschluss, mit der Verwirklichung eines Neubaus zu beginnen. Ein langer und arbeitsreicher Weg war zu beschreiten.
Am Sonntag, dem 20. Oktober 2002, konnte die von Orgelbaumeister Jürgen Ahrend aus Leer-Loga gebaute, nunmehr 5. Orgel der Lutherkirche, feierlich eingeweiht werden. Die Orgel ziert unverändert der aus dem Jahre 1795 stammende Prospekt der damaligen Müller-Orgel.
